Необходимость контроля диктуется тем, что любая биологическая система претерпевает некоторые изменения с течением времени, и при отсутствии контроля результаты этих изменений могут быть спутаны с результатами экспериментального воздействия.
Контроль не подразумевает отсутствие манипуляций: в качестве контроля используют экспериментальные единицы, не получавшие интересующее экспериментатора воздействие. 

При этом выбор контроля зависит от цели эксперимента и от проверяемой гипотезы.