Военную коллегию возглавляет председатель. Он председательствует на судебных заседаниях, вносит протесты на приговоры и решения военных судов, вступившие в законную силу, организует работу в коллегии: распределяет обязанности между судьями, организует работу по изучению и обобщению судебной практики, а также по осуществлению контроля за выполнением военными судами постановлений Пленума Верховного Суда РФ. 
Аппарат Военной коллегии составляют секретари судебного заседания, осуществляющие ведение протоколов судебных заседаний и подготовку дел к слушанию, консультанты, изучающие поступающие жалобы на вступившие в законную силу приговоры и решения военных судов, готовящие на их основе проекты протестов, и другой технический персонал.