Как следует из п. 4 ст. 62 ГК РФ принципиальное отличие состоит в том, что после принятия решения о ликвидации функции исполнительного органа осуществляет ликвидационная комиссия. Также необходимо отметить и отмеченное ранее различие между реорганизацией и ликвидацией – правопреемство. Если при ликвидации, деятельность организации прекращается полностью, в то время как в результате реорганизации прекращение деятельности определенного юридического лица сопровождается переходом его прав и обязанностей (правопреемством) вновь создаваемому юридическому лицу. 
Различие также и в оформлении документов - при ликвидации составляется ликвидационный баланс, предъявляемый на окончательном этапе ликвидации в налоговую инспекцию. В зависимости от формы проведения реорганизации также составляются свои документы. Так при разделении и выделении составляется передаточный акт, при присоединении или слиянии - договор, о присоединении или слиянии.