Проблематика формування СІР пов’язана, перш за все, з тим, що наявні автоматизовані інформаційні системи, а також бази даних є організаційно розпорошеними та функціонально роз’єднаними і не забезпечують інформаційну взаємодію; створення та експлуатація баз даних, надання інформації, її використання та передача не забезпечені організаційно, не підкріплені належною
базою; не існує єдиних правил та методів доступу до інформаційних ресурсів, які б забезпечували якісну інформаційну взаємодію, в тому числі з урахуванням вимог інформаційної безпеки.
Питанням розбудови системи інформаційних ресурсів останнім часом присвячується усе більше публікацій. Але слід зазначити, що хоча концептуально питання щодо інтеграційних процесів у цій сфері були поставлені, досліджені вони ще недостатньо. Також відсутня й методологія цих процесів