Федеральным проектом предусмотрена реализация мероприятий по восстановлению и экологической реабилитации водных объектов, а также улучшению состояния гидрографической сети, посредством выполнения работ по очистке водных объектов от донных отложений. 
Одним из заявляемых в федеральный проект, мероприятий являлось мероприятие «Выполнение работ по восстановлению проточности и расчистке дна озера Янтарное с комплексной оценкой эколого-гидрологических характеристик озера и прилегающих территорий» в соответствии с имеющейся в департаменте разработанной в 2012 - 2013 годах проектно - сметной документацией. 
На сегодняшний день в связи с тем, что данные проектные решения разработаны более 7 лет назад и в связи с вступлением в силу новых нормативно-правовых актов в области охраны водных объектов и расчета ущерба водным биологическим ресурсам некоторые его разделы уже утратили силу и необходимо их корректировка. Кроме того, а указанный период вдоль северного побережья озера была построена набережная, а в юго - восточной части выстроен жилой микрорайон Олимпийский. Данные объекты не были учтены при разработке проектной документации в 2012 - 2013 годах.