Сфера управления государственными и муниципальными финансами (публичными финансами) отличается от сферы управления финансами коммерческих организаций и обычные аудиторы не обладают необходимыми знаниями для проведения эффективного контроля за публичными финансами. 
Создание же специальных органов финансового контроля либо передача функций по осуществлению контроля вышестоящим контрольным органам позволит осуществлять финансовый контроль компетентными, опытными, профессиональными сотрудниками контрольных органов, специализирующимися именно в сфере публичных финансов, что, в свою очередь, повысит эффективность самого бюджетного контроля.