Роман – загадка, загадка, над которой до сих пор бьются ученые, но каждый из них открывает в нем свой смысл. И в этом вся сложность: текст «Мастера…» настолько перенасыщен проблемами, что основную найти очень сложно, я бы даже сказала – невозможно. 
Основная сложность в том, что в романе переплетается несколько реальностей: с одной стороны – советский быт Москвы 20-30-х годов, как самая «низшая», комедийная реальность, с другой – самая «высшая» библейская реальность римской провинции, города Ершалаима, далее – реальность всесильного Воланда, и, наконец – реальность Мастера и Маргариты, которые непосредственно взаимодействуют с каждой из перечисленных выше.