ДП «УДВП ІЗОТОП» було створено у 1962 році із назвою Київська міжреспубліканська контора Всесоюзного об’єднання «Ізотоп» та було віднесено до сфери управління Міністерства середнього машинобудування СРСР. У подальшому назва Підприємства та органи, до сфери управління яких воно належало у різні часи, неодноразово змінювались.
З вересня 2014 року по теперішній час органом управління ДП «УДВП ІЗОТОП» є Міністерства економічного розвитку і торгівлі України.